Какой прописывать путь до Perl?
Какие права нужно выставлять файлам .pl и .cgi?

Какой прописывать путь до Perl?
В скрипте Perl в первой строчке должен указываться путь до интерпретатора следующим образом:
#!/usr/bin/perl

Какие права нужно выставлять файлам .pl и .cgi?
Для файлов .cgi (Perl, скомпилированные на си программы) и .pl (Perl) права доступа должны быть 755 (-rwxr-xr-x): исполнение, чтение и запись для владельца, исполнение и чтение для группы и других пользователей.